Procesando...Hanazono Karin es una niña a la que le mueren los padres y vive con su tía. Es una niña con muy mala suerte, no tiene buenas notas ni es buena otras cosas ni siquiera tiene amigos tan solo un gato que muere. Por esta muerte Karin va a visitar la tumba de su querido gatito y se encuentra con un chico (Kazume, no muy amigable) pero este se da cuenta que Karin lleva un anillo con los poderes ocultos de una Diosa y que tanto el como su prima (Himeka) deberán ayudarla a convertirse en esa Diosa.
Orphen y su banda se embarcan en una nueva aventura llena de monstruos y batallas, y nada de paz y tranquilidad. Pero un nuevo amigo se ha unido al grupo. Su nombre es Lycorus, y fue enviada para encontrar a Orphen. Muchas sombras misteriosas siguen a Oprhen, mientras él, Cleo y los otros lo acompañan para descubrir más cosas de su pasado.
Yui Kasuga es una chica normal que vive en un futuro donde las computadoras son parte fundamental de sus vidas cotidianas. Mientras Yui se encuentra en su computadora en la escuela tratando de entrar a la RedCom, cree haber visto un objeto naranja en la pantalla, pero desaparece. Se lo lleva en un disco a su casa y lo carga, de repente, vuelve a reaparecerse esa cosa amarilla, su nombre es I.R. y fue enviado para encontrar a Yui, él le dice que un virus maligno llamado Grosser está causando el caos en la RedCom y que sólo Yui puede detenerlo. Para eso, debe encontrar unos programas Correctores esparcidos en la RedCom. Así, Yui puede salvar a la RedCom y a la humanidad del malvado Grosser.
Diez años después de los sucesos en MSLNA's, Hayate, Nanoha y Fate trabajan para el Buro de Administración Tiempo-Espacio. El sueño de Hayate es crear su propia división para ayudar en todo tipo de desastres, incluyendo los que tiene que ver con los Lost Logia. Fate y Nanoha se encargan de entrenar a sus propios aprendices, creando asi la Riot Force 6. El problema llega cuando aparecen Reliquias sin control que se interpone en el camino del Riot Force, y depende de ellos tener que lidiar con ellos, entre otras tareas.
En la ciudad de Ert’Aria nos encontramos con Leicester Maycraft, un ingeniero que forma parte del grupo de aventureros «Oasis». Durante un festival que se da por la noche para observar la lluvia de estrellas, un meteoro cae sobre el campanario y destruye el campanario. Encuentran un habitación secreta en la que hay una chica dormida. Ella despierta y le dice que es su hija.
Meguru Amatsuki es una chica que inocentemente aspira a ser una heroina de la justicia. Sumire Kusaragi es una chica callada y seria, criada en la estricta familia Kisaragi. Ambas chicas están en tercer curso de secundaria cuando un erizo misterioso que se hace llamar Mikuru-chan aparece ante ellas y las convierte en Twin Angels para que luchen contra el mal. Meguru siempre está animada y alegre, mientras que Sumire no está acostumbrada a relacionarse con otros. Pese a sus diferencias, ambas trabajarán juntas y poco a poco forjarán amistad.
El anime nos cuenta lo que pasa cuando se abren los portales Hairou, fusionando tres mundos distintos. Como resultado de dicha fusión, misteriosos poderes despiertan en algunas chicas adolescentes. Después de tal descubrimiento, se construye una academia para las llamadas chicas Progress con poderes Exceed en la aislada isla Seiran, en el océano Pacífico.
En el continente Spooner, los Hechiceros (Sorcerers) forman parte de la aristocracia. Tal es así, que abusan de sus poderes y somenten a los civiles. Para evitar esto, Big Mamma contrata a los Cazadores de Hechiceros (Sorcerer Hunters), grupo encabezado por Carrot Glacé, para encargarse de ellos
